تأسس قسم علوم المختبرات الإكلينيكية تحت مظلة كلية العلوم الصحية المساندة في عام 1981 (1401 هـ). وقد كان هذا القسم أول برنامج للبكالوريوس في علوم المختبرات الإكلينيكية في المملكة العربية السعودية. تألفت أول دفعة من خريجي البرنامج من طلاب وطالبات. وبالتالي، تم اتخاذ خطوات جادة لزيادة عدد أعضاء هيئة التدريس والمرافق والبنية التحتية، مما أدى إلى تشكيل قسم كامل لعلوم المختبرات الإكلينيكية. وقد قرر المجلس الأعلى للجامعة في اجتماعه الذي عقد في يناير 1987م تحويل كلية العلوم الصحية المساندة إلى كلية العلوم الطبية التطبيقية. وبذلك وُلدت أول كلية للعلوم الطبية التطبيقية في المملكة. يعكس برنامج المختبرات  مبادئ الكلية حول الرعاية الصحية للمجتمع والبيئة السعودية وأهمية التعليم في العلوم المخبرية والبحث وخدمة المجتمع. يوفر قسم   المختبرات التدريب الإكلينيكي الكامل والممارسة والدعم لجميع الطلاب الجامعيين والدراسات العليا للعمل كإخصائيي مختبرات مؤهلين.